O trabalho discute a influência dos sistemas de avaliação e financiamento da pesquisa sobre as práticas de publicação das Ciências Agrárias no Brasil. Pesquisa exploratória, quanti-qualitativa, não experimental e longitudinal. Os dados da produção científica são coletados do Diretório dos Grupos de Pesquisa do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Para identificar e comparar padrões de publicação, são representadas graficamente as séries históricas de artigos, monografias e trabalhos completos em anais, bem como as razões entre artigos de circulação nacional/internacional e artigos/monografias. Os documentos dos Comitês de Assessoramento (Capes e CNPq) das Ciências Agrárias são analisados, identificando, examinando e classificando os critérios de avaliação utilizados. Os resultados indicam que os critérios empregados estimulam mudanças nos padrões de publicação, especificamente, o aumento significativo na contribuição percentual dos artigos de circulação internacional e uma redução na dos nacionais e na dos trabalhos completo em anais.